Zamek Królewski w Niepołomicach powstał w latach 40. XIV wieku z inicjatywy króla Kazimierza Wielkiego. Pierwotnie był to gotycki zamek o charakterze obronnym, składający się z dwóch wież oraz budynku mieszkalno-gospodarczego, połączonych murem kurtynowym. Jego zadaniem była ochrona szlaków prowadzących z Krakowa na południe i wschód, pobliskiego brodu na Wiśle, a także samego Krakowa od strony wschodniej.
Na przestrzeni wieków w zamku gościła większość polskich monarchów. Władcy przyjeżdżali tu przede wszystkim na polowania w okolicznej puszczy, ale także przyjmowali poselstwa, wystawiali dokumenty i chronili się przed epidemiami, które nękały Kraków.
Na początku XVI wieku, za panowania króla Zygmunta Starego, gotycki zamek został przebudowany w stylu renesansowym, stając się nowoczesną rezydencją królewską. Prawdopodobnie w tym samym czasie, z inicjatywy królowej Bony, po południowej stronie zamku założono regularne w formie ogrody włoskie.
Historia Niepołomic i zamku ściśle splata się z dziejami Polski, czego wymownym przykładem jest tragiczny wypadek królowej Bony, do którego doszło podczas polowania w Puszczy Niepołomickiej. Królowa, będąca w zaawansowanej ciąży, spadła z konia, a przedwcześnie urodzony syn — Olbracht — zmarł wkrótce po narodzinach. Gdyby przeżył, losy dynastii Jagiellonów, a być może i całej Polski, mogłyby potoczyć się zupełnie inaczej.
Około 1550 roku zamek strawił pożar. Odbudowy podjął się król Zygmunt II August, powierzając prace m.in. Tomaszowi Grzymale oraz Santi Gucciemu, którego warsztat zajął się obróbką kamienia. Po odbudowie zamek prezentował się okazale: wokół kwadratowego dziedzińca wznosiły się dwupiętrowe budynki z krużgankami. Od tej pory rezydencję zaczęto nazywać „małym Wawelem”.
Stefan Batory niejednokrotnie polował w Puszczy Niepołomickiej. Na zamku gościł angielskich astrologów, a rok przed śmiercią spisał tu swój trzeci testament.
Od czasów panowania Zygmunta III Wazy wizyty władców w Niepołomicach były sporadyczne. W lipcu 1646 roku w Niepołomicach świętowano koronację drugiej żony króla Władysława IV Wazy – Ludwiki Marii Gonzagi: polowano w puszczy, a na zamku wystawiono spektakl operowy.
Zamek dwukrotnie padł ofiarą szwedzkich grabieży – po raz pierwszy podczas potopu, a następnie w 1702 roku. W 1710 roku August II Sas zorganizował w Puszczy Niepołomickiej jedne z największych królewskich łowów: zaprosił około stu gości z całej Europy, którzy w ciągu trzech dni upolowali ponad 150 sztuk zwierzyny.
Po I rozbiorze Polski siedzibę królewską przekształcono w koszary wojsk austriackich. Podczas II wojny światowej stacjonowały tu wojska niemieckie, które w 1945 roku wysadziły w powietrze magazyn amunicji urządzony w gotyckich piwnicach.
Po wojnie w zamku mieściły się różne instytucje, m.in. liceum, łaźnie miejskie, poczta, centrala telefoniczna, mieszkania komunalne oraz izba porodowa. Dopiero w latach 90. XX wieku przeprowadzono gruntowną renowację, dzięki której zamek odzyskał dawny blask. Obecnie mieści się tu hotel, restauracja, sale konferencyjne oraz Muzeum Niepołomickie.
