W jednej z muzealnych sal zgromadzono przekazane w depozyt bezcenne zabytki niepołomickiego kościoła parafialnego, królewskie i papieskie dokumenty z XIV - XVIII wieku, te najstarsze - króla Kazimierza Wielkiego i biskupa krakowskiego Bodzanty - ustanawiające parafię pod dzisiejszym wezwaniem Dziesięciu Tysięcy Męczenników; szaty oraz przedmioty liturgiczne, w tym najcenniejsze: renesansowy komplet z czerwonego adamaszku i monstrancja z 1599 roku, ufundowane przez starostów niepołomickich z rodów Lubomirskich i Branickich; barokowe relikwiarze, obrazy, wota. W Kaplicy znajduje się biblioteka osiemnastowiecznych woluminów omawiających m. in. zagadnienia teologiczne i historię kościoła oraz kancjonały.
